Produkti

Mēs nesen ziņojām, ka pirēna nukleotīdu vislabāk ievieto pretī bāziskajai vietai, timīna dimēra 3'-T, un lielāko daļu nebojāto bāzu rauga DNS polimerāze eta (pol eta).Tā kā pirēns ir nepolāra molekula, kurai nav H-saites spējas, dPMP ievietošanas neparasti augstā efektivitāte ir saistīta ar tā izcilo bāzu sakraušanas spēju, un tas uzsver bāzes sakraušanas nozīmi nukleotīdu atlasē, izmantojot pol eta.Lai izpētītu H-saites un bāzes pāra ģeometrijas lomu nukleotīdu atlasē ar pol eta palīdzību, mēs noteicām ar bāzi modificēto nukleotīdu 2,6-diaminopurīna, 2-aminopurīna, 6-hloropurīna un inozīna ievietošanas efektivitāti. izveidojiet atšķirīgu skaitu H-saišu ar veidnes pamatni atkarībā no bāzes pāra ģeometrijas.Šķiet, ka Vatsona-Krick bāzes savienojumam ir svarīga loma nukleotīdu analogu atlasē ievietošanai pretī C un T, par ko liecina relatīvās ievietošanas efektivitātes samazināšanās, samazinoties Vatsona-Krick H saišu skaitam un palielinoties donora-donora un akceptora-akceptora mijiedarbības skaits.Nukleotīdu ievietošanas selektivitāte ir lielāka pretī 5'-T nekā timīna dimēra 3'-T, saskaņā ar iepriekšējo darbu, kas liecina, ka 5'-T tiek turēts stingrāk nekā 3'-T.Turklāt šķiet, ka A ievietošana pretī abiem dimēra T ir saistīta ar Vatsona-Krika bāzu savienošanu, nevis ar Hūgstīna bāzu pāri, pamatojoties uz gandrīz identiskām A un 7-deaza-A ievietošanas efektivitāti, no kurām pēdējā nav H- savienošanas spēja pie N7.Relatīvā efektivitāte nukleotīdu ievietošanai, kas var veidot Vatsona-Krika bāzes pārus, ir paralēla Klenova fragmenta efektivitātei, turpretim Klenova fragments vairāk diskriminē neatbilstības saskaņā ar tā lielāku formas selektivitāti.Šie rezultāti uzsver H-saites un Vatsona-Krika bāzes pāra ģeometrijas nozīmi nukleotīdu atlasē gan pol eta, gan Klen ow fragmentā, kā arī formas izvēles mazāko lomu pol eta ievietošanā, jo tā ir atvērtāka un mazāka. ierobežota aktīvā vietne.